Oddziały niemieckie zburzyły warszawską Wielką Synagogę w Warszawie

Najtragiczniejszym okresem dla Wielkiej Synagogi była II wojna światowa. W 1940 roku po utworzenia getta warszawskiego hitlerowcy przystąpili do niszczenia budynku, który znalazł się w jego obrębie. W połowie 1941 roku synagoga była już znacznie zdewastowana, w dachu były się liczne dziury, większość wyposażenia została wywieziona lub zniszczona, kapitele i części architrawów zniszczone, a Aron ha-kodesz leżał powalony na ziemi.

20 maja 1941 roku władze niemieckie zezwoliły na otwarcie trzech synagog dla wiernych, w tym Wielkiej Synagogi. 27 kwietnia Adam Czerniaków zwołał komitet celem zbiórki funduszy na remont i ponowne uruchomienie synagogi.

31 maja 1941 roku w sobotę przed świętem Szawuot w synagodze odbyło się pierwsze nabożeństwo. 1 czerwca o godzinie 9.30 nastąpiło uroczyste otwarcie synagogi, na remont której przeznaczono ogromną sumę pieniędzy. Wniesienia Tory i dwukrotnego obejścia z nią synagogi dokonał osobiście Adam Czerniaków. Na zakończenie dnia w synagodze kantor dostał ataku paraliżu i odwieziono go do szpitala. Pod koniec lipca zorganizowano specjalny konkurs na stanowisko nadkantora dzielnicy warszawskiej.

19 października w synagodze odbył się koncert muzyki oratoryjnej z okazji Miesiąca Dziecka. Prezentowano liczne utwory chóralne do tekstów Starego Testamentu w wykonaniu Lewandowskiego, Naumburga, Bernsteina oraz Zilberca. Swoje utwory wykonał chór synagogalny pod batutą Mariana Neuteicha, wirtuoz skrzypcowy Henryk Reinberg, organista Izrael Fajwiszys, a partie solowe wykonali m.in. bas-baryton Goldner.

30 marca 1942 roku na polecenie Heinza Auerswalda synagoga została zamknięta, a jej klucze trafiły do Służby Porządkowej. Synagoga stała się miejscem tymczasowego lokowania Żydów zwożonych m.in. z okupowanych Czech.

W 1942 roku, po zmniejszeniu obszaru getta, synagoga znalazła się poza jego obszarem. Ze względu na dużą powierzchnię budynku hitlerowcy urządzili w niej magazyn mebli i zrabowanego mienia żydowskiego. Magazynem kierował komisarz getta warszawskiego do spraw nieruchomości, Karol Nabe.

Kres istnienia synagogi nastąpił po krwawym stłumieniu powstania w getcie warszawskim, 16 maja 1943 roku. Wtedy to o godzinie 20.15 została osobiście wysadzona w powietrze przez Jürgena Stroopa, co było symbolem ostatecznej likwidacji dzielnicy żydowskiej. Po jej zburzeniu Stroop powiedział:

Piękną klamrą oficjalnego zamknięcia Wielkiej Akcji było wysadzenie w powietrze Wielkiej Synagogi. Przygotowania trwały 10 dni. Synagoga była gmachem solidnie zbudowanym. Stąd, aby ją za jednym zamachem wysadzić w powietrze, należało przeprowadzić pracochłonne roboty saperskie i elektryczne. Ależ to był piękny widok! Z punktu widzenia malarskiego i teatralnego obraz fantastyczny. Oficer saperów wręczył mi aparat elektryczny, wywołujący detonację ładunków wybuchowych. Przedłużałem chwilę oczekiwania. Wreszcie krzyknąłem: Heil Hitler! – i nacisnąłem guzik. Ognisty wybuch uniósł się do chmur. Przeraźliwy huk. Bajeczna feeria kolorów. Niezapomniana alegoria triumfu nad żydostwem. Getto warszawskie skończyło swój żywot. Bo tak chciał Adolf Hitler i Heinrich Himmler