Król Stefan Batory założył Uniwersytet Wileński

Uczelnia powstała w roku 1579, kiedy król Stefan Batory przeznaczył środki na przekształcenie Kolegium Jezuitów w Wilnie w Akademię i Uniwersytet Wileński Towarzystwa Jezusowego (łac. Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu). W tym samym roku ustanowienie tej uczelni oficjalnie zaaprobował papież Grzegorz XIII. Oficjalnym językiem wykładowym tej uczelni była łacina, zaś wykładowcami byli uczeni pochodzących z różnych części Europy. Początkowo posiadała wydziały filozoficzny i teologiczny, później także prawny.

Uczelnia bardzo długo stanowiła jedyną wyższą szkołę na terenie Wielkiego Księstwa Litewskiego założoną w celu krzewienia kultury polskiej na ziemiach północno-wschodnich Rzeczypospolitej, a jej największy rozkwit i promieniowanie przypada na pierwszą połowę XVII wieku. Do najbardziej znanych uczonych związanych z jezuickim okresem uczelni należą m.in. Maciej Kazimierz Sarbiewski SI – polski poeta neołaciński światowej sławy , Wojciech Wijuk Kojałowicz – polski teolog, który jest autorem pierwszej "Historii Litwy", Marcin Śmiglecki – autor popularnego w całej Europie podręcznika logiki, wykorzystywanego m.in. na uniwersytecie w Oksfordzie. Wówczas na Akademii nauki pobierał m.in. Jan Karol Chodkiewicz - jeden z najwybitniejszych polskich i europejskich dowódców wojskowych początku XVII wieku, oraz Stefan Łuskina - polski jezuita, po kasacie zakonu właściciel i wydawca pierwszego regularnego dziennika w Polsce – Gazety Warszawskiej. Akademia Wileńska stała się ważnym ośrodkiem kontrreformacji w Wielkim Księstwie Litewskim. Jej wykładowcami byli m.in. Piotr Skarga i Jakub Wujek – pierwsi rektorzy Akademii, Marcin Laterna, Mikołaj Łęczycki, Franciszek Bohomolec, Adam Naruszewicz, Marcin Poczobutt-Odlanicki. W XVIII wieku dzięki polskim jezuitom na uczelni tej opracowano zasady gramatyki i ortografii jęz. litewskiego i rozpoczęto wydawanie pierwszych książek po litewsku. W 1753 roku twórcą i organizatorem nowo otwartego obserwatorium astronomicznego i utworzonego przy nim wydziału fizyki i astronomii stał się Tomasz Żebrowski, po jego śmierci pieczę tą objął Marcin Poczobutt-Odlanicki.

Od II poł. XVII wieku Akademia stopniowo traciła na znaczeniu, a ponowny jej rozkwit nastąpił w czasach stanisławowskich, kiedy to podjęto próbę reformy nauczania uniwersyteckiego w duchu oświecenia. Uniwersytety miały stać się w zasadzie wyższymi szkołami zawodowymi.