"Приговор ВЧК к лицам, бывшей императорской своры - утвердить, сообщив об этом в ЦИК"

9 января 1919 г. Президиум ВЧК (в заседании участвовали Я. Х. Петерс, М. И. Лацис, И. К. Ксенофонтов и секретарь О. Я. Мурнек) вынес постановление «Приговор ВЧК к лицам, бывшей императорской своры — утвердить, сообщив об этом в ЦИК»..

Несмотря на ходатайства Академии наук и Максима Горького, Ленин подтвердил приговор с формулировкой «революция не нуждается в историках».

Николай Михайлович был расстрелян большевиками в Петропавловской крепости в последнюю декаду января 1919 года вместе с ещё тремя великими князьями — своим родным братом Георгием Михайловичем и двоюродными — Павлом Александровичем и Дмитрием Константиновичем. 

Все четверо расстреляны рано утром следующего дня как заложники в ответ на убийство Розы Люксембург и Карла Либкнехта в Германии. Командовал экзекуционным отрядом некий Гордиенко, тюремный надзиратель, получавший в свое время ценные подарки из Кабинета Его Величества. Вероятно, погребён в братской могиле на территории Заячьего острова.