Apvērsums Pārdaugavas hercogistē administrators Jans Hodkevičs Turaidas pilī organizē pārvaldnieka Ēlerta Krūzes gāšanu

Pēc pamiera noslēgšanas starp Lietuvu un Krieviju un Žemaitijas autonomijas ierobežošanas 1564. gadā J. Hodkeviču iecēla par Žemaitijas ģenerālstārastu (viņa tēvs Jeronīms Hodkevičs bija pēdējais Žemaitijas vecākais).

1566. gadā Sigismunds II Augusts viņu iecēla par Lietuvas lielmaršalu, bet 1566. gada 26. augustā par Livonijas hetmani un ģenerāladministratoru.

1566. gada beigās pēc tam, kad Lietuvas Seimā Grodņā tika noslēgta Livonijas un Lietuvas reālūnija, 10. decembrī viņš Vidzemes landtāgā Cēsīs vienojās ar provinces kārtām par šīs ūnijas ratificēšanu.

1566. gada 26. decembrī Livonijas hercogistei piešķīra jaunu ģerboni: sarkanā laukā uz labo pusi ejošs ar zeltu kronēts sudraba grifs ar zobenu labajā ķetnā, kam uz krūtīm monogramma "SA" (Sigismunds Augusts).

Šis ģerbonis kļuva par pamatu Hodkeviču dzimtas ģerbonim. Par J. Hodkeviča rezidenci kļuva agrākā Livonijas ordeņa maršalu Siguldas pils.

1567. gada 7. jūlija kaujā, kur krita ap 30 lietuviešu, bet rīdzinieku pusē tikai 15 vai 16 latviešu ("nevācu") karavīri, J. Hodkevičs mēģināja pakļaut arī Rīgas brīvpilsētu, taču cieta zaudējumu

1569. gada Ļubļinas Seimā J. Hodkevičs iestājās pret Ļubļinas ūnijas izveidošanu ar Polijas karalisti, tomēr pēc Polijas-Lietuvas kopvalsts izveidošanas 1570. gadā konvertējās katolicismā, bija cieši saistīts ar jezuītiem.

1575. gadā krievu karaspēks ieņēma gandrīz visu Hodkeviča pārvaldīto Livonijas teritoriju, izņemot Rīgu un Tallinu.

1578. gadā jaunais Polijas-Lietuvas valdnieks Stefans Batorijs panāca lūzumu karā pret krieviem.

Miris 1579. gada 4. jūnijā karagājiena laikā uz Polocku, apglabāts 13. oktobrī Viļņā.