Krievijas Ivans IV iebrūk Livonijā. Sākas Livonijas karš, kurš beidzas tikai 1583. gadā
1558. gada 23. janvārī ar Krievijas cara Ivana IV. karaspēka iebrukumu Livonijā sākās Livonijas kaŗš. Iznīcinot viduslaikos pastāvējušo ģeopolitisko izkārtojumu Livonijā, šis kaŗš iesāka Jauno laiku vēstures posmu tagadējās Latvijas un Igaunijas teritorijā.
Ludzas pils - arx Luza - atrodas vietā, kur kādreiz bija latgaļu koka pils. Tā bija Rēzeknes fogta palīgpils, kas celta 14. gadsimtā.
Sākoties Livonijas karam, 1558. gadā Livonijas karaspēks uzbruka Krasnijgorodokai, bet Maskavijas karaspēks Grigorija Temkina vadībā ieņēma Ludzas pili.
1566. gada 10. decembrī Cēsu pilī sasauktais Livonijas landtāgs apstiprināja pakļaušanos Polijas-Lietuvas virsvarai, ko 1566. gada decembra beigās apstiprināja Grodņas ūnijas līgumā. Pēc ūnijas noslēgšanas Rīgas arhibīskapijas zemes apvienoja ar Livonijas ordeņa zemēm Daugavas labajā krastā kopīgā Pārdaugavas Livonijas hercogistē - latīņu: Ducatus Livoniae Ultradunensis, lietuviešu: Uždauguvio kunigaikštystė, poļu: Księstwo Zadźwińskie, igauņu: Liivimaa hertsogkond. Ērģemes kauja, kurā krievu karaspēks sakāva Livonijas apvienotos spēkus, notika Livonijas kara trešajā gadā - 1560 .gada 2. augustā. Neskatoties uz kaujas nelielajiem mērogiem, Ērģemes kaujai literatūrā tiek piešķirta Livonijas kara izšķirošās kaujas loma, jo tai sekoja būtiskas politiska un militāra rakstura izmaiņas.
Lai arī 1560.gadā krievu militāro aktivitāšu mērķis bija nozīmīgās Vīlandes pils ieņemšana, karadarbība notika arī plašā teritorijā ap to, sevišķi dienvidu virzienā - arī Vidzemē. Krievu karaspēka vienība - pēc Rennera hronikas - ap 40 000, pēc Kurbska atstātajām ziņām - ap 12 000 - 14 000 karavīru - kņaza Andreja Kurbska vadībā jūlija beigās apmetās nometnē pie krievu jau okupētās Valkas. Savukārt Livonijā savāktais karaspēks, ordeņa landmaršala Fīlipa Šalla fon Bella vadībā, 1.augustā pameta nometni pie Trikātas un virzījās pretī krievu karaspēkam, izvietojoties nometnē pie Lugažiem. No komandējošā sastāva krita Kandavas fogts, savukārt landmaršals un 11 komturi tika saņemti gūstā. Landmaršals Šalls fon Bells tika aizvests uz Maskavu pie Ivana IV, kur it kā izaicinošas uzvedības dēļ tūlīt pēc tikšanās ar caru sodīts ar nāvi. Šalla fon Bella kapakmens atrasts 1823. gadā un glabājas Kremļa muzejā. Zināms, ka kritušos krievus bija iespējams aizvest tikai 14 vezumos, un tie tikuši sadedzināti. Livonijas Konfederācija kara gaitā sadalījās.
No 1557. līdz 1566. gadam Livonijas konfederācijas zemes pārgāja Dānijas, Zviedrijas un Polijas-Lietuvas pakļautībā.
Izveidojās Kurzemes un Zemgales hercogiste, bet Livoniju kā jēdzienu turpmāk attiecināja uz Latgali, Vidzemi un Igauniju.