Livonijas kara laikā rīdzinieki pilnībā nojauc Salaspils fogta pili, lai neatstātu atbalsta punktu uz Rīgu ejošam Ivana IV karaspēkam
Pēc tam pils nav atjaunota, un tā pamazām pārvērtusies drupās, bet pēc Rīgas HES uzbūvēšanas- applūdusi
Runājot par Salaspils mūra pilīm, jāatzīmē, ka ģeografiski "Salaspils pilsdrupas" atrodas divās vietās.
Indriķa hronikas aprakstā par bīskapu Meinhardu minēts, ka 1186. gadā ar Gotlandes mūrnieku palīdzību Salā (Holme) uzcelta mūra pils.
1206. gadā Salas lībiešu vadonis Ako, “kas bija uzkūdījis Polockas kņazu uz karu pret rīdziniekiem, kas bija savācis lietuvjus, sasaucis turaidiešus un visu Līvzemi cīņai”, organizēja neveiksmīgu sacelšanos pret krustnešiem (kauja pie Salaspils (1206)).
Kritušā Ako galvu bīskaps Alberts Rīgā saņēma kā uzvaras zīmi pār Salas lībiešiem. Pēc Līvzemes sadalīšanas Salas pils nokļuva bīskapa Alberta pārvaldībā un tika pārdēvēta par "Baznīcas salu" (vācu: Kirchholm) jeb "Mārtiņsalu" (Martinsholm).
Salaspils pilsnovada pārvaldīšanai tika iecelts Salspils fogts.
1298. gadā Livonijas pilsoņu kara laikā uz Salas esošo Rīgas arhibīskapa pili nopostīja Livonijas ordenis.
1380. gadā kā "Jaunā Salaspils" (Neu-Kirchholm) pirmo reizi minēta jaunā Salaspils mūra pils, kuru Livonijas ordenis uzcēla Daugavas labajā krastā kopā ar Svētā Jura baznīcu.
1452. gadā pilī tika noslēgts Salaspils līgums par to, ka Rīgai ir divi feodālie senjori - Rīgas arhibīskaps un Livonijas ordenis.
1577. gada 28. augustā Livonijas kara (Maskavijas iebrukuma) laikā Salaspils tika nodedzināta, bet 4. septembrī tās mūrus uzspridzināja, lai cara Ivana IV karaspēks, tuvojoties Rīgai, to neizmantotu kā uzbrukuma placdarmu.
1582. gada Jamas Zapoļskas miera līgumā tā nodēvēta par Salaspils pilsnovada citadeli (latīņu: arx Kircholm, Кирхгольм). Pēc kara pils vairs netika atjaunota, bet Rīgas aizsardzībai no austrumiem Zviedru Vidzemes laikā Salaspilī izbūvēja cita veida nocietinājumus (t.s. "Zviedru skanstis").
Līdz Pirmajam pasaules karam saglabājās apmēram 30 m garas un 1,8 m biezas pils sienas drupas, ka arī pils torņa pamati Daugavas krastā.
1907. gadā aizbēra pils aizsarggrāvi, kara laikā siena cieta artilērijas apšaudes laikā.
Rīgas HES celšanas laikā drupu paliekas appludināja.
